Wybory w Krakowie były znacząco utrudnione przez serię nieoczekiwanych problemów, takich jak ogromne kolejki, przerwy w głosowaniu oraz opóźnienia w dostawie kart do głosowania. Wszystko to sprawiło, że ostatnie głosy zostały oddane tuż przed północą. Zaskakujące było również to, że karty wyborcze musiały być dostarczane za pomocą taksówek i nawet hulajnóg.
Piotr Bukowski z Wydziału Organizacji i Nadzoru Urzędu Miasta Krakowa przyznał, że pomimo przewidywania wysokiej frekwencji, urzędnicy miasta nie byli w stanie uniknąć tych problemów. Nie przewidzieli skoku w liczbie wyborców, który skumulował się w krótkim czasie. Wynikiem tego było zawieszenie obsługi wyborców w kilkunastu lokalach wyborczych ze względu na brak dostępnych kart do głosowania. Reakcją na ten problem było uruchomienie całego dostępnego taboru transportowego celem dostarczenia kart do głosowania, niestety zgłoszeń od komisji było tak wiele, że pojawił się lekki paraliż, jak opowiedział Bukowski.
Członkowie komisji wyborczych byli zaskoczeni skalą frekwencji. Wspominali, że podczas poprzednich wyborów proces kończył się zazwyczaj około 2 lub 3 nad ranem.
W tym roku liczenie głosów trwało znacznie dłużej, głównie ze względu na zmiany w przepisach, które wymagały od członków komisji wspólnego liczenia głosów. Dodatkowo, obowiązkiem komisji było policzenie głosów oddanych w referendum.
Piotr Bukowski poinformował, że frekwencja w Krakowie wyniosła nieznacznie ponad 70%. O godzinie 10 rano jeszcze 9 komisji pracowało nad opracowaniem protokołów. Pozostałe komisje wysłały już swoje protokoły do Okręgowej Komisji Wyborczej i oczekiwały na ich zatwierdzenie.